La flauta travesera también es un instrumento que necesita de una serie de cuidados especiales para los que no se necesita ser un técnico experto, pero si tener un mínimo de conocimientos al respecto. Por ejemplo, uno de los problemas que presenta este instrumento son las marcas que se producen en el metal y la pérdida de su revestimiento producto de la oxidación y la corrosión. Este tipo de problemas se deben a varios factores. Uno de ellos es el tipo de aleación con el que está fabricada la flauta y ahí no podemos hacer nada, pero hay otros factores, como la temperatura y la limpieza diaria, que si que están en nuestras manos.
En cuanto a la temperatura hay que evitar especialmente la humedad y el frío, que no solo corroe el metal, sino que también daña las zapatillas. Por su parte el calor puede ser devastador, pues además de los perjuicios mencionados, puede afectar al correcto funcionamiento del mecanismo, por lo que no se debe dejar nunca el instrumento expuesto al sol durante mucho tiempo, ni tan siquiera si está dentro del estuche.
La acidez del sudor en manos y dedos es uno de los grandes enemigos del metal de la flauta, ya que provoca un desgaste del mismo. Por eso es importante limpiar el exterior de la flauta con una gamuza cada vez que se acabe de tocar, eliminando así las marcas de los dedos. Por supuesto también se ha de limpiar el interior para secar la humedad que se condensa dentro del instrumento. Para ello se puede utilizar la varilla que viene con el instrumento, envolviéndola en un paño suave de algodón o de seda. Periódicamente se ha de limpiar el mecanismo con algún pequeño cepillo muy suave para evitar la acumulación de polvo en las llaves.
Estos son solo consejos sencillos para un buen cuidado de su instrumento y para que dure el mayor tiempo posible en las mejores condiciones.