La obstrucción de los orificios del clarinete puede afectar enormemente al instrumento, causando problemas en la afinación, en la emisión de notas que suenan apagadas o sordas, en una mayor acumulación de agua o en la imposibilidad de cambiar de registro. Estas obstrucciones se producen tanto en los orificios abiertos como en los cerrados.
Se pueden distinguir dos tipos de suciedad. Existe un tipo que se acumula en el borde exterior de los orificios abiertos (aquellos que cerramos directamente con los dedos) y que suele provenir de los propios dedos. El otro tipo de suciedad se encuentra en la parte interior de los orificios, tanto de los abiertos como de los cerrados. Este último tiene su origen en los residuos que provienen del agua que producimos al tocar, pero también -y paradójicamente- del uso posterior del trapo con el que limpiamos el interior del instrumento. Este artículo de limpieza, al tiempo que elimina la humedad, introduce partículas diminutas de polvo y de suciedad que se adhieren a la humedad residual que queda en los orificios. Este proceso de obstrucción se da de manera paulatina durante largos períodos de tiempo, a medida que la suciedad va acumulándose en los orificios.
Generalmente, las obstrucciones de los orificios abiertos pueden ser eliminadas, cuidadosamente, con un hisopo o un bastoncillo de algodón. Lo mismo en el caso de los orificios que son cerrados por las zapatillas (aunque para esto se requiere el desmontaje de las llaves). Con todo, no siempre es así, y a veces la suciedad acumulada puede ser demasiado dura y requerir de métodos más especializados de limpieza. Realizar un mantenimiento periódico del clarinete evitará la aparición de este tipo de problemas.
